Hay varios tipos de micorrizas, aunque destacan dos. El tipo predominante y más antiguo es la micorriza arbuscular. En este tipo de asociación, el hongo extiende su micelio ramificando sus hifas en el interior de las células de la raíz. Esas diminutas ramificaciones se denominan arbúsculos. Todos los hongos micorrícicos arbusculares pertenecen al mismo grupo, los Glomeromycota, y se suelen asociar con las plantas de praderas, pastizales de alta montaña y selvas tropicales.
El segundo tipo son las ectomicorrizas. En esta asociación, el micelio se extiende entre las células de las raíces de las plantas, pero no llega a penetrar en ellas. Los hongos de este tipo de micorrizas pertenecen a los grupos Ascomycota y Basidiomycota, e incluyen hongos de cuerpos fructíferos comestibles y muy apreciados, como el níscalo o la trufa negra. Es el tipo de micorriza más abundante en los bosques templados y mediterráneos.
Estos tipos no son excluyentes, en una misma planta pueden aparecer simultáneamente micorrizas de los dos tipos, e incluso de otros más complejos, como los ericoides, los arbutoides o los monotropoides.
El níscalo es una seta cuyos micelios forman micorrizas.
