Y respecto a la definición de “planta”, el tema es aún más complicado. Aunque tradicionalmente existe el reino Plantae, las clasificaciones basadas en filogenia —las que clasifican las especies según su posición en el árbol evolutivo, como clasificar a los miembros de una familia según su posición en el árbol genealógico— han desdibujado los límites de este grupo. Según se analice de una forma más estricta o más amplia, el grupo Plantae se considera hoy como posible sinónimo de tres grupos filogenéticos que sí están definidos: los embriófitos, las plantas verdes y los arqueoplástidos.

Los embriófitos, en sentido muy estricto

En el año 1969, el ecólogo Robert Harding Wittaker propuso un planteamiento revolucionario en su época para la clasificación de los seres vivos: los cinco reinos, a saber, monera, protista, plantas, hongos y animales.

Hoy sabemos gracias a la filogenia que esos cinco reinos no representan fielmente a la realidad. Sin embargo, la definición de las plantas de Whittaker resultó ser relativamente válida; consideraba “plantas” a aquellos organismos fotosintéticos y con paredes celulares de clorofila y cuyas células se diferenciaban en tejidos que formaban órganos.

Para Whittaker, todas las algas formaban parte del reino Protista. 

Siguiendo esta definición, las plantas están constituidas, únicamente, por los musgos, las hepáticas y las plantas vasculares —licopodios, helechos, equisetos y plantas con semillas—, así como los grupos fósiles afines.

De modo que organismos como los  nenúfares, las lentejas de agua o las especies del género Posidonia, que presentan órganos formados por tejidos, como hojas y raíces, y además, dado que sus antepasados evolutivos son plantas terrestres, serían plantas acuáticas, pero no algas. Y ningún alga sería una planta acuática.

Esta clasificación de Plantae sensu strictissimo concuerda con el grupo filogenético Embryophyta.

Las plantas verdes, plantas en sentido estricto

Una clasificación más laxa que la de Whittaker fue la que propuso Herbert Faulkner Coperland en 1956. Para él, el término “planta” debía englobar a las algas verdes y a las plantas terrestres. Décadas antes de que comenzaran a emplear la filogenia para establecer las clasificaciones, ya se adivinaba que las plantas terrestres debían tener su origen en las algas verdes.

Según esta definición, los nenúfares siguen siendo plantas acuáticas y no algas, pero las algas verdes sí serían plantas. Sin embargo, excluye las algas rojas, las pardas, y todas las demás.

El grupo filoogenético con el que concuerda esta clasificación de Plantae sensu stricto se denomina Viridiplantae.