Es evidente que la presencia de altas concentraciones de contaminantes en un entorno tiene consecuencias directas sobre el agua. Tanto las fuentes de agua superficiales como subterráneas sufren el impacto de la guerra, principalmente por el empleo de armas de combustión, químicas, biológicas o nucleares, y secundariamente por los efectos del combustible y el aceite de vehículos militares. Las consecuencias negativas en las masas de agua, sobre todo en entornos endorreicos y en las aguas subterráneas, pueden prolongarse años o décadas.

La contaminación de los ríos y otros cursos de agua traslada, además, los efectos perniciosos de la guerra aguas abajo, a lugares lejanos, en ocasiones, ajenos al conflicto. La polución en las zonas del tramo bajo de los ríos, áreas normalmente más ricas y fértiles por la deposición de sedimentos, altera los ecosistemas de ribera o de la desembocadura y afecta gravemente a la agricultura, la ganadería y otras formas de explotación. 

Cuando esa contaminación llega a los mares y océanos o es liberada directamente en ellos, también quedan afectados negativamente los ecosistemas litorales y marinos. Esto no solo sucede en batallas navales, en ocasiones, cuando el conflicto está relacionado con el petróleo, algunos beligerantes optan por derramarlo al mar deliberadamente antes de que caiga en manos de su oponente.