Según Behe, la complejidad irreductible se define como aquel sistema individual, compuesto de varias partes coordinadas que interaccionan para desempeñar una función básica, y que de eliminarse alguna de las partes, perdería su función. Atendiendo a esta idea, estas complejidades no pudieron evolucionar de forma natural, puesto que sería necesario que todas las piezas surgieran a la vez y ya coordinadas.
Entre otros, Michael Behe expuso como uno de los ejemplos más visuales, el ojo. La estructura completa del ojo incluye una córnea, un iris, una pupila, un cristalino, un humor vítreo, una compleja retina, un nervio óptico… y, además, todo un sistema nervioso adaptado al reconocimiento e interpretación de las imágenes percibidas. Si se elimina cualquiera de las partes, el ojo pierde su función, y por lo tanto, es irreductible. Conclusión: el ojo tuvo que ser diseñado de forma inteligente, bajo un propósito.
