Los denisovanos tenían la piel, los ojos y el pelo oscuro, y su complexión y rasgos faciales probablemente fueron similares a los neandertales, Sin embargo sus molares eran más grandes y recuerdan a los de los humanos arcaicos y australopitecinos, de los cuales aparentemente desciende el género Homo.
Además, debieron de cruzarse de forma habitual con los humanos modernos y los neandertales, pues aproximadamente el 17% del genoma encontrado en la cueva Denisova se deriva de ellos. No obstante, uno de los muchos misterios que existen es que el 4% de ese genoma proviene de una especie humana muy antigua y desconocida que se separó de los humanos modernos hace más de un millón de años.
En marzo de 2019 se encontraron en la misma cueva dos pequeños fragmentos de cráneo que pertenecían a otro ejemplar, y al poco tiempo se encontraba un trozo de mandíbula en la de Baishiya, en el plateau tibetano, a mil kilómetros de Denisova. Con una edad de 160 000 años y encontrado a una altura sobre el nivel del mar de 3 km, nos revela que los denisovanos vivían a gran altitud mucho antes de que lo hiciera nuestra especie. Pero lo importante es que este descubrimiento resolvió otro misterio: el origen del gen EPAS1 de los tibetanos que altera la producción de hemoglobina y ayuda a sobrevivir a gran altitud. Ahora sabemos que se trata de un gen heredado de los denisovanos.
