Sin embargo, y a diferencia de los micobiontes, los fotobiontes de los líquenes carecen de esa profunda dependencia simbiótica, y pueden tener vida libre de forma natural. No obstante, la simbiosis liquénica les proporciona ventajas muy significativas. Por un lado, el cuerpo del hongo actúa como un sistema de protección contra organismos que se alimentan del fotobionte, y a la vez como una pantalla que atenúa la luz solar, haciéndola más tolerable. Además, ayuda a retener el agua, esencial para las algas, y a través de sus hifas obtener más fácilmente las sales minerales que el fotobionte requiere para su subsistencia.
El fotobionte, por su parte, proporciona el alimento al liquen, en forma de glucosa que produce gracias a la fotosíntesis. Cuando el liquen presenta una combinación de cianobacterias y algas verdes, las primeras pueden capturar y fijar el nitrógeno atmosférico, facilitando así la nutrición de las segundas.
